En 1129, el rey Alfonso VII y la reina doña Berenguela cedieron a la Iglesia de Toledo y a su Arzobispo don Raimundo el territorio complutense. Esta donación sería ratificada posteriormente por aquellos que vinieron a sucederles en el trono. Cabe destacar la confirmación realizada el 6 de Agosto de 1184 por Alfonso VIII, en virtud de los privilegium donationis de Alcalá, quam idem imperatur fecit toletane ecclesie.

De este modo, Alcalá de Henares se erigió como el segundo distrito jurisdiccional del Arzobispado de Toledo, y acabó convirtiéndose en el lugar donde pasaban largas temporadas los titulares de la Mitra. El responsable de este distrito era denominado «Vicario de Alcalá». Así, Alcalá y su alfoz se convirtieron en señorío de los Arzobispos de Toledo, señores de la villa desde el año 1129, en que fuera donada por el monarca. Su presencia se dejó sentir junto a la del concejo -presidido por el corregidor designado por los prelados toledanos- y los órganos competentes en la regiduría del señorío: el Consejo del Arzobispo y su Gobernador Mayor.

Coincidiendo con la política de repoblación iniciada por los monarcas castellanos, durante el siglo XII comienza a desarrollarse el tercero y último de los emplazamientos de Alcalá de Henares. Este núcleo de población, con el paso del tiempo se convertirá en la ciudad actual. A partir de este originario centro, la villa irá desarrollándose y definiéndose, al tiempo que acuden a ella los nuevos pobladores, atraídos por la concesión de solares, tierras, fueros con privilegios especiales y exenciones tributarias. De esta forma, pueden atenderse, de forma simultánea, las necesidades militares, religiosas y agrícolas de la nueva ciudad.

Sería el Arzobispo don Rodrigo Ximenez de Rada quien decidiría fortificar con una muralla la nueva villa, iniciándose con toda seguridad tales obras durante su prelatura. Esta primera muralla encerró en su perímetro las casas arzobispales, originario núcleo del Palacio Arzobispal existente actualmente, el caserío cristiano, la judería y la morería. El importante crecimiento poblacional de Alcalá, y la previsión de futuros asaltos, tanto por parte de musulmanes como de bandidos, hizo que el perímetro de la primitiva muralla debiese ser ampliado en varias ocasiones.

Para tal finalidad se comienza a levantar, hacia 1454, una nueva muralla que, manteniendo el lienzo norte y parte de oeste de las anteriores, encierra los caseríos extramuros, la fundación franciscana de San Diego, alguna edificación dispersa, como la parroquia de Santa María, y zonas libres ocupadas por terrenos cultivados.

Las funciones de Alcalá de Henares, como las de cualquier núcleo urbano, no fueron siempre las mismas; fueron variando al compás de las circunstancias históricas, y esta situación ha quedado reflejada claramente en la necesidad que tenía la ciudad de buscar nuevos emplazamientos. No obstante, desde los primeros tiempos de su formación, Alcalá tuvo, al margen de la función estratégico-defensiva que adoptaba en épocas de inseguridad, tres funciones prioritarias. Una comercial, con importantes ferias y un mercado semanal muy concurrido. Todo había sido ya previsto desde tiempos del obispo don Raimundo, quien otorgó fueros con la pretensión decidida de formar un núcleo urbano con una feria y un mercado que habían de realzar a la ciudad frente a otros núcleos de población de la comarca de análogas condiciones naturales. Otra agraria, de relativa importancia respecto a la anterior, pero indispensable por su carácter complementario; de hecho, llega a ser una de las funciones prioritarias durante la Edad Moderna. Y, finalmente, su condición de etapa en una de las vías de comunicación más importantes de la Península, fundamental desde tiempos de la romanización.

Esta función constituía, a la vez, un factor de potenciación de las precedentes.

Sería necesario sumar a estas importantes funciones otras actividades no menos significativas: una industria de tipo doméstico, parcialmente transformada e incrementada notablemente en los siglos XVI y XVII con la creación de la Universidad; y las ventajas de ser un lugar notablemente frecuentado por los monarcas y los prelados toledanos, quienes ayudaron a conservar durante largo tiempo la estructura urbana, con un notable carácter clerical, hasta el punto de que la construcción de edificios religiosos durante los siglos XVI y XVII marcó una impronta conventual a la ciudad que, junto a la universitaria, son las que ha mantenido hasta nuestros días.

La suma de estos factores fue la que hizo crecer y desarrollarse al núcleo urbano asentado entorno al lugar del martirio de los Santos Niños, aunque, sin duda, Alcalá fue durante la Edad Media una ciudad fundamentalmente comercial y agrícola, con predominio de la primera función sobre la segunda. Todas estas actividades hicieron posible el desarrollo del pequeño núcleo que constituía la villa en el siglo XIII, de la misma manera que condicionaron su organización y estructura tipológica.

Atendiendo a la extensión abarcada por la muralla de la ciudad en diferentes momentos de este período, podemos constatar dos grandes etapas de expansión de la villa. Una anterior a 1454, y otra posterior a esta fecha, cuando comienza la transformación del originario recinto amurallado por iniciativa del arzobispo Carrillo. Esta nueva muralla fue la única que se conservó con ligeras modificaciones hasta que fue demolida casi totalmente en el siglo XIX, ya que el primitivo recinto fue desapareciendo progresivamente conforme fue extendiéndose la población y dejó de cumplir, por tanto, las funciones para las que había sido ideado.

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