Quizá Alcalá comparte con Granada ser dos de las grandes ciudades que más intensamente vivieron el inicio del siglo de Oro español. La primera por ser sede de la entrevista entre Isabel La Católica y Colón para el descubrimiento de América, además de contar en su Universidad con Antonio de Nebrija, autor de la primera Gramática castellana, y la segunda por significar con su toma el fin de la reconquista española sobre el invasor musulmán.
Hechos como estos, sumados a la fundación de la Universidad de Alcalá en 1499, hacían de Alcalá una de las grandes ciudades castellanas que, si bien no consiguió ese título hasta 1687 con el rey Carlos II, fue la primera que ostentó tal categoría en toda la Comunidad de Madrid, incluida la capital.
Fue el 20 de enero de 1486 cuando comenzó todo. Se celebró en el Palacio Arzobispal la entrevista en la que Cristobal Colón se reunió con Isabel I La Católica, que resultó ser el germen del descubrimiento de América. Para conmemorar tamaño acontecimiento, en 1968 se reconstruyó el antiguo Convento de San Juan de la Penitencia (1508) y se denominó la Casa de la Entrevista.
Por su parte, la primera Gramática Castellana de Antonio de Nebrija, catedrático de la Universidad de Alcalá y fallecido en la ciudad complutense en 1522, veía la luz en 1492.
Siete años más tarde, un suceso marcó definitivamente el destino histórico de Alcalá de Henares. El Cardenal Cisneros fundó la Universidad Complutense (hoy Universidad de Alcalá) en 1499.
Desde sus primeros momentos la universidad de Alcalá se convierte en el gran foco del humanismo español y, después, de la Contrarreforma religiosa y del Siglo de Oro; por las aulas complutenses pasaron lingüistas como Antonio de Nebrija, literatos como Lope de Vega; médicos como Francisco Díaz; religiosos como san Ignacio de Loyola o los secretarios personales del Rey Felipe II.
Pero desde mediados del siglo XVII se registra una lenta pero imparable decadencia de Alcalá de Henares, que se acrecienta en el siglo XVIII, con diferentes reformas universitarias que determinarán el cierre y la agrupación de un buen número de colegios menores en el de la Concepción.
La invasión napoleónica y la Guerra de la Independencia supondrán un duro golpe para el patrimonio artístico y cultural de la ciudad. La decadencia culminará en 1836 con la supresión de la histórica Universidad Complutense y la creación en Madrid de la Universidad Literaria, después denominada Central (hoy Universidad Complutense de Madrid).
Esta circunstancia, unida a la desamortización de Mendizábal y a la exclaustración de las órdenes religiosas masculinas, harán que Alcalá pierda la que había sido su razón de existencia durante siglos y se produzca una emigración masiva que hace que su población se reduzca casi a una cuarta parte.